این اسکن جهت بررسی خونرسانی نسج ریه بکار می رود. هر عاملی که باعث کاهش خونرسانی نسج ریه شود، به صورت نقص پرفیوژن در اسکن مشاهده خواهد شد. از شایع ترین کاربردهای آن اثبات یا رد آمبولی ریه در بیمارانی می باشد که به دنبال اعمال جراحی، یا بی حرکتی طولانی دچار علائم حاد تنفسی می شوند. معمولاً اسکن پرفیوژن ریه در این موارد به همراه اسکن ونتیلاسیون ریه انجام می شود ولی در اغلب مراکز به دلیل موجود نبودن رادیو داروی مناسب برای اسکن ونتیلاسیون ریه، اسکن پرفیوژن به تنهایی و مقایسه آن با رادیوگرافی ساده ریه از دقت تشخیصی قابل قبولی برخوردار می باشد. کاربرد دیگر آن بررسی کمّی میزان پرفیوژن هر یک از لوب ها و یا سگمان های ریه می باشد که قبل از عمل جراحی برداشتن قسمتی از ریه، از اهمیت قابل توجهی برخوردار است. این اسکن نیاز به آمادگی خاصی ندارد و تصویربرداری بلافاصله بعد از تزریق انجام می شود.